É o instrumento firmado entre a administração pública e fundação de apoio, com vista à formação de parceria para apoiar projetos de ensino, pesquisa, extensão, desenvolvimento institucional, científico e tecnológico e estímulo à inovação, mediante a gestão administrativa e financeira necessária à execução desses projetos.
As fundações de apoio são constituídas na forma de pessoas jurídicas de direito privado sem fins lucrativos. Devidamente credenciadas pelo Ministério da Educação e no Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações para atuar junto a Instituições Federais de Ensino Superior (IFES) e Instituições Científicas e Tecnológicas (ICTs).
O respectivo instrumento possui amparo legal na Lei nº 8.958/94, regulamentada pelo Decreto 5.205/2004, permitindo que IFES e ICTs possam contratualizar com fundações de apoio, mediante dispensa de licitação, nos termos do artigo 24, XIII, da Lei nº 8.666/93.
Assim como os demais instrumetos, o contrato de gestão procede de abertura de processo administrativo.