A origem da FCA ocorreu em 1978, quando foi criado o Curso de Agronomia no antigo Centro Pedagógico de Dourados, da UEMT (Universidade Estadual de Mato Grosso), criando administrativamente o Departamento de Agronomia (DAG), que, mais tarde foi transformado em Departamento de Ciências Agrárias (DCA).

O Curso de Agronomia e, portanto, a FCA foram impulsionados com as ações do Núcleo Experimental de Ciências Agrárias (NCA), criado para atender as demandas de trabalho dos professores/alunos/técnicos e bem utilizar a área doada pelo Prof. Celso Amaral e Prefeitura Municipal de Dourados, com apoio da AEAGRAN.

Em 2006, com a criação da Universidade Federal da Grande Dourados, com uma infra-estrutura já estabelecida, a FCA tornou-se realidade e mantém hoje os Cursos de Graduação em Agronomia e Zootecnia e a Pós-graduação em Produção Vegetal (Mestrado e Doutorado).

A FCA possui metas definidas de criação de mais dois Cursos de Graduação (Engenharia Agrícola e Florestal) e mais três programas de Pós-graduação (em Zootecnia, Engenharia Agrícola e Engenharia Florestal).

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